综合处

负责协调推进管委会综合性工作；负责商务区总体发展规划、年度经济和社会发展目标、计划的编制及重点指标及项目进展的跟踪对接；承担会议组织、文件收发、信息宣传、档案管理、机要保密、安全保卫、基建维修、应急处置、后勤服务等机关行政事务；负责行政财务预算管理与执行、国有资产管理、风险防控及法务相关工作；负责商务区动迁、建设资金的统筹管理；负责人大代表建议、政协委员提案的组织办理和领导信箱、政务热线办理；负责党建、党风廉政、意识形态、机关作风、精神文明及纪检等工作；负责组织、干部、人事、机构编制、群团、教育培训等工作。

规划建设处

协调办理开发建设项目的规划、用地、立项等前期手续；负责工程建设项目的协调服务；承担公共基础设施、市政配套设施建设工作；负责清理建设领域拖欠工程款；负责专项建设任务的落实推进和资产管理；负责滨江风光带鼓楼区段工程建设及配套开发；负责编制历史文化街区保护性开发规划方案；负责实施历史街区有关的修缮保护工程。

产业发展与招商处

负责编制商务区产业发展中长期及各类专项规划、年度计划及相关政策措施；负责编制商务区招商引资规划和航运物流服务等重点产业培育发展实施计划及相关配套政策；负责商务区招商引资和外向型经济工作；负责属地企业服务、税源管理等工作；负责人才引进和高新科技企业培育引进有关工作；负责南京长江国际航运物流服务中心项目建设、招商，做好航运服务企业的引入和服务工作。负责商务区微信公众号的管理运营。

城市管理和安全监管处

负责职责范围内的安全生产日常监管和网格化管理，实施执法检查，加强扬尘管控，落实环境监管责任；负责区域内市容环境卫生整治，落实长效管理机制；负责滨江岸线及相关设施的运行和安全管理；承担防汛排涝、扫雪防冻等工作；协助做好动迁拆违、道路交通环境整治、市政设施维护管养和绿化、河道整治、违规施工整治等工作；负责商务区历史街区日常维护管理；组织实施长江鼓楼区段水域“三无船舶”专项整治和“禁渔退捕”长效管理。

滨江风光带建设管理办公室

负责南京西站地区铁路迁建协调推进工作；负责商务区内工企单位搬迁工作；负责商务区涉航单位、涉军单位搬迁安置协调推进；负责社会居民及铁路单位搬迁释放住户的搬迁安置；牵头组织涉及拆迁的信访维稳和矛盾化解；牵头组织拆迁移交的房屋拆除、场地管理以及拆迁区域内危房消险工作。

南京市鼓楼区铁北片区管理办公室

为南京市下关滨江商务区党工委、管委会的产业发展平台管理机构，规格正处级，承担对铁北片区的规划编制、建设提升、招商引资、经济发展、市场运营等职能。